Hướng dẫn chi tiết mẫu sổ theo dõi thuế gtgt theo Thông tư 99
5 Tháng 6, 2026 Từ ngày 01/01/2026, doanh nghiệp phải sử dụng mẫu sổ theo dõi thuế GTGT theo thông tư 99 (mẫu S61-DN). Đây là công cụ bắt buộc giúp quản lý chính xác số thuế, đồng thời hỗ trợ kê khai, quyết toán và đối chiếu với cơ quan thuế một cách minh bạch. Tham khảo thêm thông tin chi tiết qua bài viết tại phần mềm kế toán EasyBooks dưới đây bạn nhé.
Mục lục
1. Tại sao cần sổ theo dõi thuế GTGT theo Thông tư 99?
Sổ theo dõi thuế GTGT (mẫu S61‑DN theo Thông tư 99/2025/TT‑BTC) là công cụ bắt buộc để quản lý, theo dõi và đối chiếu chính xác số thuế GTGT phải nộp, đã nộp và còn phải nộp cho các doanh nghiệp tính thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp hoặc ghi sổ “Đơn”. Thông tư 99 quy định rõ sổ này có vai trò quan trọng sau:
- Phản ánh chi tiết từng nghiệp vụ phát sinh liên quan đến thuế GTGT đầu ra.
- Theo dõi số thuế GTGT phải nộp, đã nộp và còn phải nộp theo từng kỳ.
- Làm cơ sở lập báo cáo thuế, đối chiếu dữ liệu với cơ quan thuế và hệ thống kê khai điện tử.
- Đảm bảo sự nhất quán giữa hóa đơn, chứng từ, sổ sách kế toán và dữ liệu trên HTKK/Tax.
Việc lập sổ không chỉ là yêu cầu tuân thủ pháp luật mà còn giúp doanh nghiệp kiểm soát rủi ro thuế, tránh nợ thuế và lãi chậm nộp không đáng có.
Xem thêm: Thuế suất thuế GTGT 2026
2. Phương pháp ghi sổ theo dõi thuế GTGT
Sổ theo dõi thuế GTGT (mẫu S61‑DN) được ghi theo phương pháp ghi sổ chi tiết theo từng nghiệp vụ phát sinh, kết hợp ghi tổng tháng đối với số thuế GTGT phải nộp, cụ thể như sau:
Căn cứ và thời điểm ghi sổ
- Sổ được mở theo tháng, sử dụng sổ hoặc dữ liệu điện tử, căn cứ vào hóa đơn GTGT, chứng từ nộp thuế, chứng từ điều chỉnh, hoàn thuế… để ghi vào.
- Mỗi hóa đơn GTGT ghi 01 dòng phản ánh chi tiết; riêng số thuế GTGT phải nộp có thể ghi tập trung 1 lần cuối tháng thay vì ghi theo từng hóa đơn, nếu doanh nghiệp thấy thuận tiện.
Cách ghi các cột trong sổ S61‑DN
- Cột A, B: Ghi số hiệu, ngày tháng của chứng từ (hóa đơn GTGT, giấy nộp tiền, biên lai, quyết định hoàn thuế…).
- Cột C: Ghi diễn giải nội dung nghiệp vụ (bán hàng, mua hàng, điều chỉnh, hoàn thuế, trả lại hàng, v.v.).
- Cột 1: Ghi số tiền thuế GTGT đã nộp trong kỳ theo từng chứng từ (sổ ngân hàng, chứng từ nộp thuế).
- Cột 2:
- Ghi số thuế GTGT còn phải nộp đầu kỳ.
- Ghi số thuế GTGT phải nộp phát sinh trong kỳ theo từng chứng từ hoặc ghi tổng tháng.
- Cuối kỳ, tính và ghi số thuế GTGT còn phải nộp cuối kỳ bằng công thức: Số còn phải nộp cuối kỳ = Số còn phải nộp đầu kỳ + Số phát sinh trong kỳ – Số đã nộp trong kỳ
Kết sổ và đối chiếu
- Cuối kỳ, kế toán khóa sổ, cộng số phát sinh của Cột 1 và Cột 2 trong tháng, so sánh với số thuế GTGT trên tờ khai thuế và dữ liệu sổ nhật ký – sổ cái tài khoản 3331.
- Sau khi khóa sổ, người ghi sổ và kế toán trưởng ký, ghi họ tên để xác nhận tính chính xác, làm cơ sở lưu trữ phục vụ kiểm tra, quyết toán thuế.
Xem thêm: Hướng dẫn cách nộp tờ khai thuế GTGT trên dịch vụ công
3. Tải mẫu sổ theo dõi thuế GTGT theo thông tư 99
Mẫu sổ theo dõi thuế GTGT theo Thông tư 99/2025/TT‑BTC là mẫu số S61‑DN, được ban hành kèm Phụ lục III của Thông tư và áp dụng từ 01/01/2026 cho doanh nghiệp nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp hoặc ghi sổ “Đơn”.
Tải ngay: Mẫu sổ theo dõi thuế GTGT theo Thông tư 99/2025/TT‑BTC
4. Những lưu ý quan trọng khi theo dõi thuế GTGT
Khi theo dõi thuế GTGT theo Thông tư 99, cần lưu ý một số điểm quan trọng để tránh sai sót, nợ thuế hoặc rủi ro khi kiểm tra, quyết toán thuế.
- Xác định rõ doanh nghiệp tính thuế GTGT trực tiếp hay khấu trừ: Doanh nghiệp trực tiếp/giản đơn dùng sổ theo dõi thuế GTGT – S61‑DN. Doanh nghiệp khấu trừ dùng sổ chi tiết thuế GTGT được hoàn lại – S62‑DN.
- Không để lẫn giữa thuế GTGT đầu vào được khấu trừ, không được khấu trừ, hoàn thuế và không được hoàn thuế.
- Hóa đơn, chứng từ nộp thuế phải đồng nhất số liệu với: Sổ theo dõi thuế GTGT (S61‑DN hoặc S62‑DN), Sổ Nhật ký – Sổ Cái tài khoản 3331, Tờ khai thuế GTGT (ĐTĐT và trên HTKK/Tax).
- Khi điều chỉnh, hoàn, giảm thuế (hoàn thuế, điều chỉnh hóa đơn, trả lại hàng, giảm giá…), phải ghi rõ nghiệp vụ, số hóa đơn, lý do và số thuế điều chỉnh vào sổ theo dõi và điều chỉnh lại số còn phải nộp.
- Cập nhật kịp thời các khoản điều chỉnh: Hoàn thuế, giảm thuế, nộp phạt, tạm nộp… phải ghi ngay và điều chỉnh số còn phải nộp.
- Sổ theo dõi thuế GTGT phải mở theo tháng, ghi liên tục, không tẩy xóa, ký tên kế toán và thủ trưởng đơn vị khi khóa sổ theo quy định Thông tư 99.
- Lưu trữ đầy đủ các chứng từ gốc: hóa đơn, biên lai nộp thuế, quyết định hoàn thuế, biên bản điều chỉnh, giấy tờ liên quan để phục vụ kiểm tra, thanh tra, quyết toán thuế.
Hi vọng những chia sẻ trên đây của phần mềm kế toán EasyBooks về cách lập và ghi chép S61-DN – mẫu sổ theo dõi thuế GTGT theo Thông tư 99 – sẽ giúp các kế toán dễ dàng làm việc từ năm 2026, đảm bảo tính minh bạch, đúng quy định và hạn chế tối đa sai sót khi xuất hóa đơn cũng như kê khai thuế.
———————————
EASYBOOKS – TỰ ĐỘNG HOÁ NGHIỆP VỤ KẾ TOÁN
- EasyBooks đáp ứng đầy đủ nghiệp vụ quản trị tài chính kế toán cho mọi doanh nghiệp theo thông tư 99/2025/TT-BTC,133/2016/TT-BTC và 152/2025/TT-BTC
- Đưa ra cảnh báo cho kế toán khi hạch toán không hợp lệ, tồn quỹ âm – kho âm và không tuân thủ các nguyên tắc kế toán.
- Tất cả tính năng và hệ thống báo cáo của phần mềm được xây dựng dựa trên quy chuẩn chung của Bộ Tài chính.
- Tích hợp Cổng T-VAN cho phép lập, gửi và nhận hồ sơ thuế điện tử trực tiếp trên phần mềm, giúp tiết kiệm thời gian và đảm bảo tuân thủ pháp lý.
- EasyBooks nâng cấp ứng dụng MIỄN PHÍ khi có thay đổi về chính sách kế toán, thuế, nghị định, thông tư.
- Đánh giá hiệu quả kinh doanh chi tiết và tối giản thao tác, giảm thời gian nhập liệu chứng từ cho kế toán.
Liên hệ để được tư vấn về phần mềm kế toán
Hotline mua hàng: 0869 425 631
Zalo mua hàng: Zalo Easybooks
Facebook: Facebook phần mềm kế toán EasyBooks
Group trao đổi: Cộng đồng hỗ trợ Phần mềm kế toán EasyBooks – SOFTDREAMS
Trụ sở chính: Tầng 3, tòa nhà CT5AB, Khu đô thị Văn Khê, Phường Hà Đông, Thành phố Hà Nội, Việt Nam
Chi nhánh: Số H.54 đường Huỳnh Tấn Chùa, phường Đông Hưng Thuận, TP Hồ Chí Minh
4 Tháng 6, 2026 
