Quy định về sử dụng phần mềm kế toán theo Thông tư 99/2025/TT-BTC
Việc nắm rõ quy định về sử dụng phần mềm kế toán theo Thông tư 99 không chỉ giúp đơn vị tuân thủ pháp luật, mà còn hạn chế tối đa rủi ro khi bị thanh tra, kiểm tra, đồng thời tối ưu quy trình hạch toán, báo cáo tài chính, thuế. Hãy cùng phần mềm kế toán EasyBooks tìm hiểu chi tiết qua bài viết sau đây.

Mục lục
- 1. Quy định về sử dụng phần mềm kế toán theo Thông tư 99 từ 01/01/2026
- 2. Trách nhiệm liên quan của những người sử dụng phần mềm kế toán
- 3. Quy định về tổ chức bộ máy kế toán và công tác kế toán từ 01/01/2026
- 4. Lợi ích khi tuân thủ quy định sử dụng phần mềm kế toán theo Thông tư 99
- 5. EasyBooks sẵn sàng đáp ứng các quy định trong Thông tư 99/2025/TT-BTC
1. Quy định về sử dụng phần mềm kế toán theo Thông tư 99 từ 01/01/2026
Theo Thông tư 99/2025/TT-BTC hướng dẫn về chứng từ kế toán, tài khoản kế toán, ghi sổ kế toán, lập và trình bày Báo cáo tài chính của doanh nghiệp. Việc xác định nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp đối với Ngân sách nhà nước được thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế.
Trong đó, Điều 28 Thông tư 99/2025/TT-BTC có quy định về sử dụng phần mềm kế toán từ 01/01/2026 tại như sau:
Doanh nghiệp có thể sử dụng các phần mềm kế toán để thực hiện công tác kế toán theo quy định tại Thông tư 99/2025/TT-BTC. Phần mềm kế toán mà doanh nghiệp lựa chọn sử dụng phải đảm bảo tối thiểu các yêu cầu chuyên môn, nghiệp vụ về kế toán như sau:
- Các quy trình, nghiệp vụ kế toán được thiết lập trên phần mềm phải đảm bảo tuân thủ các quy định của pháp luật kế toán, pháp luật thuế và pháp luật khác có liên quan, không làm thay đổi bản chất, nguyên tắc, phương pháp kế toán và thông tin, số liệu trình bày trên sổ kế toán và Báo cáo tài chính theo quy định.
- Việc xử lý các quy trình kế toán, các thông tin, số liệu liên quan đến nhau phải đảm bảo sự chính xác, phù hợp, không trùng lặp. Khi sửa chữa phải lưu lại dấu vết các nội dung đã ghi sổ kế toán theo trình tự thời gian.
- Thông tin, dữ liệu trên phần mềm kế toán phải đảm bảo tính bảo mật, an toàn và phải tuân thủ các quy định của pháp luật về bảo mật, an toàn thông tin. Hệ thống thông tin được thiết lập có khả năng cảnh báo hoặc ngăn chặn việc can thiệp có chủ ý làm thay đổi thông tin, số liệu đã ghi sổ kế toán.
- Cung cấp đầy đủ, kịp thời được thông tin và dữ liệu đầu ra theo yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền và các bên sử dụng dữ liệu, thông tin.
- Có khả năng kết nối hoặc sẵn sàng kết nối với các phần mềm có liên quan khi thực hiện công tác kế toán (phần mềm hóa đơn điện tử, chữ ký số,…).
- Có khả năng nâng cấp, sửa đổi, bổ sung phù hợp với những thay đổi của pháp luật kế toán, thuế và pháp luật khác có liên quan.
Tìm hiểu thêm: Báo cáo tài chính theo Thông tư 99: Bổ sung chỉ tiêu nào?
2. Trách nhiệm liên quan của những người sử dụng phần mềm kế toán
Theo Điều 28 Thông tư 99/2025/TT-BTC có quy định về sử dụng phần mềm kế toán từ 01/01/2026, trách nhiệm liên quan của những người sử dụng phần mềm kế toán cụ thể như sau:
Người quản lý điều hành doanh nghiệp, kế toán trưởng/phụ trách kế toán và những người có liên quan phải chịu trách nhiệm về tính chính xác, trung thực của thông tin, số liệu kế toán được cung cấp từ phần mềm kế toán.
Điều này có nghĩa là:
- Dữ liệu nhập vào phần mềm phải được kiểm tra, đối chiếu và đảm bảo phản ánh đúng nghiệp vụ kinh tế phát sinh.
- Người có trách nhiệm phải quản lý việc vận hành phần mềm, giám sát quyền truy cập, bảo mật dữ liệu và quy trình ghi nhận chứng từ.
- Khi cơ quan thuế hoặc đoàn thanh tra yêu cầu, người sử dụng phải có khả năng xuất báo cáo, sổ sách và chứng minh tính hợp lệ của số liệu đã ghi nhận.
Như vậy, phần mềm kế toán chỉ là công cụ hỗ trợ tính minh bạch và độ chính xác của thông tin kế toán vẫn thuộc trách nhiệm của những người vận hành và phê duyệt dữ liệu trên hệ thống.
3. Quy định về tổ chức bộ máy kế toán và công tác kế toán từ 01/01/2026

Căn cứ Điều 7 Thông tư 99/2025/TT-BTC quy định về tổ chức bộ máy kế toán và công tác kế toán tại đơn vị trực thuộc doanh nghiệp từ 01/01/2026 như sau:
– Đơn vị trực thuộc là đơn vị phụ thuộc theo quy định của pháp luật doanh nghiệp.
– Doanh nghiệp có trách nhiệm tổ chức bộ máy kế toán và được quyết định công tác kế toán cho các đơn vị trực thuộc phù hợp với đặc điểm hoạt động sản xuất kinh doanh, yêu cầu quản lý của đơn vị mình và không trái với quy định của pháp luật.
– Việc tổ chức bộ máy kế toán và công tác hạch toán kế toán tại đơn vị trực thuộc doanh nghiệp được thực hiện như sau:
- Doanh nghiệp được quyền phân cấp cho đơn vị trực thuộc trong việc ghi nhận khoản vốn mà doanh nghiệp cấp cho đơn vị trực thuộc là nợ phải trả hoặc vốn chủ sở hữu, ghi nhận hoặc không ghi nhận doanh thu, giá vốn khi luân chuyển sản phẩm, hàng hóa, dịch vụ giữa các khâu trong nội bộ mà không phụ thuộc vào hình thức của chứng từ kế toán (hóa đơn hay chứng từ luân chuyển nội bộ) phù hợp với mô hình và yêu cầu quản lý hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp;
- Doanh nghiệp được quyền phân cấp cho đơn vị trực thuộc lập Báo cáo tài chính hay không lập Báo cáo tài chính. Tuy nhiên, Báo cáo tài chính của doanh nghiệp khi nộp cho cơ quan có thẩm quyền hoặc công khai theo quy định đều phải bao gồm thông tin tài chính của cả trụ sở chính và các đơn vị trực thuộc doanh nghiệp bất kể doanh nghiệp có phân cấp hay không phân cấp cho đơn vị trực thuộc lập Báo cáo tài chính.
Xem thêm: Quy định về chứng từ kế toán theo Thông tư 99 từ 1/1/2026
4. Lợi ích khi tuân thủ quy định sử dụng phần mềm kế toán theo Thông tư 99
Việc tuân thủ nghiêm túc quy định về sử dụng phần mềm kế toán theo Thông tư 99/2025/TT-BTC mang lại nhiều lợi ích thiết thực:
- Hạn chế rủi ro pháp lý: Dữ liệu kế toán được tổ chức đầy đủ, dễ tra cứu, giúp doanh nghiệp có thể xuất báo cáo nhanh chóng khi thanh tra – kiểm tra, giảm nguy cơ bị xử phạt do thiếu sót chứng từ.
- Tiết kiệm thời gian và chi phí: Nhiều nghiệp vụ được tự động hóa như nhập liệu, tổng hợp báo cáo, đối chiếu; giảm chi phí in ấn và lưu trữ giấy, đồng thời hỗ trợ quản lý từ xa và xem báo cáo mọi lúc.
- Nâng cao hiệu quả quản trị tài chính: Số liệu được cập nhật liên tục, giúp lãnh đạo theo dõi doanh thu, chi phí, công nợ và lập kế hoạch tài chính kịp thời; các báo cáo phân tích hỗ trợ đưa ra quyết định nhanh và chính xác.
- Sẵn sàng cho chuyển đổi số: Việc tuân thủ Thông tư 99 giúp doanh nghiệp dễ dàng kết nối với hóa đơn điện tử, ngân hàng số, khai thuế điện tử, tạo nền tảng dữ liệu vững chắc để triển khai chuyển đổi số toàn diện.

Xem thêm: Tổng hợp 42 mẫu sổ kế toán theo Thông tư 99/2025/TT-BTC
5. EasyBooks sẵn sàng đáp ứng các quy định trong Thông tư 99/2025/TT-BTC
EasyBooks được thiết kế đáp ứng đầy đủ yêu cầu của Thông tư 99/2025/TT-BTC, hỗ trợ doanh nghiệp tổ chức công tác kế toán nhanh, đúng chuẩn và hiệu quả.
- Tuân thủ chế độ kế toán: Hệ thống tài khoản, sổ sách, chứng từ và báo cáo được xây dựng theo đúng quy định; có thể tùy chỉnh mẫu biểu theo từng loại hình doanh nghiệp và dễ dàng lưu trữ, tra cứu, in ấn phục vụ thanh tra – kiểm tra.
- Bảo mật và phân quyền rõ ràng: Phân quyền theo từng vị trí từ kế toán chi tiết đến ban lãnh đạo, dữ liệu được sao lưu an toàn và hỗ trợ phục hồi khi cần.
- Kết nối thông minh: Kết nối với phần mềm hóa đơn điện tử EasyInvoice, phần mềm quản lý bán hàng EasyPos và các nền tảng khai thuế, ngân hàng điện tử, giúp đồng bộ dữ liệu, giảm nhập liệu thủ công và tạo chuỗi quản lý tài chính – kế toán khép kín.
- Giao diện dễ dùng, hỗ trợ đầy đủ phân hệ: Thiết kế trực quan theo quy trình nghiệp vụ, phù hợp cả kế toán mới và lâu năm; tích hợp các phân hệ như tiền mặt, ngân hàng, mua – bán hàng, công nợ, kho, tài sản, giá thành… cùng đội ngũ hỗ trợ chuyên môn đồng hành trong quá trình sử dụng.
Đăng ký dùng thử phần mềm kế toán doanh nghiệp EasyBooks ngay hôm nay để trải nghiệm cách quản lý sổ sách, thuế và hóa đơn dễ dàng – đúng chuẩn thông tư 99/2025/TT-BTC
Trên đây, EasyBooks đã giúp bạn tìm hiểu “Quy định về sử dụng phần mềm kế toán theo thông tư 99/2025/TT-BTC“. Hy vọng thông tin này hữu ích tới quý bạn đọc, từ đó nâng cao hiệu quả quản trị và phát triển bền vững.
———————————
EASYBOOKS – TỰ ĐỘNG HOÁ NGHIỆP VỤ KẾ TOÁN
- EasyBooks đáp ứng đầy đủ nghiệp vụ quản trị tài chính kế toán cho mọi doanh nghiệp theo thông tư 88/2021/TT-BTC,133/2016/TT-BTC và 200/2014/TT-BTC.
- Đưa ra cảnh báo cho kế toán khi hạch toán không hợp lệ, tồn quỹ âm – kho âm và không tuân thủ các nguyên tắc kế toán.
- Tất cả tính năng và hệ thống báo cáo của phần mềm được xây dựng dựa trên quy chuẩn chung của Bộ Tài chính.
- EasyBooks nâng cấp ứng dụng MIỄN PHÍ khi có thay đổi về chính sách kế toán, thuế, nghị định, thông tư.
- Đánh giá hiệu quả kinh doanh chi tiết và tối giản thao tác, giảm thời gian nhập liệu chứng từ cho kế toán.
Liên hệ để được tư vấn về phần mềm kế toán
Hotline mua hàng: 0869 425 631
Zalo mua hàng: Phần mềm kế toán Easybooks
Facebook: Phần mềm kế toán EasyBooks
Group trao đổi: Cộng đồng hỗ trợ Phần mềm kế toán EasyBooks – SOFTDREAMS
Trụ sở chính: Tầng 3, Tòa nhà ATS, Số 8 đường Phạm Hùng, Phường Yên Hòa, TP Hà Nội
Chi nhánh: Số H.54 đường Huỳnh Tấn Chùa, phường Đông Hưng Thuận, TP Hồ Chí Minh